犯罪或环境法医调查和分析中常用的仪器包括扫描电子和光学显微镜。这些工具用于表征伪装，金属，纺织或玻璃等法医证据。微观成像还可以帮助鉴定来自刀具标记，血液，毛发分类，颗粒分析或仔细残留物如沙，泥和硅藻的划痕和缩进。
头发和纤维
往往收集头发和纤维样品作为痕迹证据。纤维类型可以使用光学显微镜技术确定。人的头发可以使用动物的头发区分扫描电子显微镜（SEM）。此外，人发的详细高放大率揭示了嫌疑人的种族和其他细节，如头发是否已经化学处理过。不同种类的动物也有不同的滤色结构。
纤维的显微镜检查，如这里所示的棉纤维，不能通过SEM成像，不能提供纤维的定量特性，但是无损性的并且可以用于定性比较。
微粒
粒子分析可应用于刑事或环境取证。土壤、灰尘、颗粒和矿物质的类型往往与特定的地点有关。
从嫌疑人的鞋子和靴子上收集土壤和泥浆，并用扫描电镜进行分析。在这些样品中发现的矿物、沙子等的结构和成分可以说明嫌疑犯最近是否曾靠近犯罪现场。这里展示的是一幅彩色扫描电镜图像的含铜矿物翡翠。
油漆检查
在犯罪场景或事故中发现的涂料芯片或薄片经常分析以确定所涉及的车辆的颜色，制作和型号。汽车通常用四到五层底漆，颜色和透明涂层涂装。这些层的组成可以通过在Phenom SEM中的EDS分析确定。车辆制造商为每个生产的模型使用涂料层的独特组合。可以将分析的样品与可疑车辆进行比较或在已知层组合物的数据库上搜索。
植物学/花粉
在犯罪现场发现的种子，花粉和叶子可以将侦探导致犯罪所可能发生的地方，或者嫌疑人和受害者已经发生的地方。由于花粉和种子在一年中的特定时间生产，因此这些证据也会在犯罪发生时向调查人员揭示。在水中发现的硅藻也会确定犯罪的犯罪。
昆虫学
发现在身体上或身体上的昆虫可以帮助确定死亡的时间和原因。每种苍蝇，甲虫和其他分解昆虫往往在死亡后的不同时间倾向于将鸡蛋产物。通过鉴定身体中的幼虫并考虑环境条件，例如温度和暴露，调查人员可以估计受害者死亡的时间。还可以分析昆虫和幼虫以确定是否参与了毒药，药物或其他毒素。
