光学和扫描电子显微镜(SEM)是在一般调查和分析中常用的一些仪器，为刑事、环境和工业取证。这些工具被用于鉴定法医证据，如织物、金属、微粒、纺织品或玻璃。显微镜成像也可以帮助识别划痕和凹痕，从工具痕迹，头发分类，颗粒分析，或仔细检查残留物，如沙子，泥浆和硅藻。
对设备和材料的微观分析有助于发现产品失效和结构损坏的原因。很难理解设备故障是由于过度磨损、极端环境条件或缺陷制造造成的。通常需要多种技术和流程来确定根本原因。
射击残留物(GSR)分析用于确定是否使用了枪支。多个样品通过自动成像和使用EDS和SEM进行分析是GSR分析的标准方法。